Географическое пространство России в условиях переходной экономики как бы проявляет исторически сложившуюся неоднородность экономического развития регионов, различия в профессиональной подготовленности населения, в его менталитете, в национальном составе. Практически все регионы России демонстрируют признаки экономического неблагополучия, выступающего нередко в специфических формах. К некоторым регионам применимо определение зон социального бедствия. В них высок процент населения, проживающего ниже уровня бедности, опасные, т. е. выше 4—5%, размеры безработицы. К числу таких регионов можно отнести некоторые республики Северного Кавказа (Чечню, Ингушетию, Дагестан), Калмыкию и некоторые районы Нечерноземья (например, Архангельскую область). Экстремальность региональной ситуации характерна практически для всей зоны Севера, старопромышленных областей (Ивановская область), наиболее милитаризованных районов центра, Урала, юга Сибири и Дальнего Востока. Экономическая ситуация осложняется углублением инвестиционного кризиса, препятствующего формированию новой рыночной структуры производства. Структурные изменения в экономике регионов пока не приняли повсеместно необходимой рыночной направленности, о чем свидетельствует, например, спад производства товаров народного потребления. Особо тяжелое положение сложилось в районах с высокой концентрацией производств конверсионных отраслей, переживающих весьма болезненный период стагнации. Примером может служить Урал, где в советский период была создана промышленная база оборонно-стратегического назначения. На его территории расположено множество номерных поселений, нередко с опасным в экологическом отношении производством.
Из-за быстрого развития отраслей добывающей и тяжелой промышленности на Урале наблюдается значительное отставание в развитии легкой и пищевой промышленности, сельского хозяйства. Специфический характер кризисной ситуации наблюдается на Дальнем Востоке. Для него характерны существенный отток населения в европейскую часть России, острая нуждаемость в инвестициях, необходимых для преодоления преимущественно сырьевой направленности развития, расширения производства товаров народного потребления, сферы услуг, конверсии оборонных производств, составляющих значительную долю в экономике. В силу экстремальных природных условий Дальний Восток нуждается в специальном комплексе мер по закреплению кадров. На ситуацию в российских регионах сильное воздействие оказывают доставшиеся в наследство некоторые проблемы советской экономики: диспропорциональность развития, сырьевая структура экспортных отраслей, существенная изоляция от мирового хозяйства, неразвитость товарно-денежных отношений. На региональное развитие также отрицательно повлиял распад СССР и связанный с ним разрыв экономических связей, явившийся одной из серьезных причин экономического спада. Экономическое пространство российских регионов в существенной степени подвержено процессу дезинтеграции. Наибольшую склонность к ней проявляют районы, обладающие мощной индустриальной базой и развитым сельскохозяйственным производством, например Башкортостан. Для приграничных районов России характерно стремление к независимости от центра в целях переориентации экономики на внешнеэкономическую деятельность, создания свободных экономических зон, позволяющих ускорить темпы социально-экономического развития.
Стремление к полному обособлению характерно для особо богатых ресурсами регионов, например для добывающей алмазы Саха-Якутии или для добывающего и перерабатывающего нефть Татарстана, для Чечни. На процессы дезинтеграции в российской экономике влияют также этнические факторы, в частности борьба за власть в регионах национальных политических элит, а также стремление коммерческих структур взять на себя роль межрегиональных посредников в экономической деятельности путем вытеснения традиционных государственных структур. В некоторых районах наблюдается межэтническая напряженность. К ним относятся регионы, включающие в себя национально-территориальные образования (Тюменская область, Красноярский край). На ситуацию в регионах оказало влияние изменение геополитической ситуации. Из 76 нынешних республик, краев, областей России ранее были приграничными 29, а теперь — 46. Обретение приграничного статуса породило ряд проблем в области специализации производства, структуры товарообмена, миграции населения и других.